Una opinión que presentas como cierta se queda en indicativo. En cuanto dudas — al negar la fórmula, o al elegir un verbo de duda —, el verbo tras que pasa a subjuntivo. Hasta aquí, idéntico al español: creo que tiene razón / no creo que tenga razón.

Seguro → indicativo	Dudoso → subjuntivo
Je pense qu'il a raison.	Je ne pense pas qu'il ait raison.
Je crois que c'est vrai.	Je ne crois pas que ce soit vrai.
Je suis sûre qu'elle vient.	Je ne suis pas sûre qu'elle vienne.
Il est probable qu'il pleuvra.	Il est possible qu'il pleuve.
Je sais qu'il peut venir.	Je doute qu'il puisse venir.

• ¡Ojo! Il est probable que va con indicativo en francés: lo probable está cerca de lo seguro. Tu es probable que llueva lleva subjuntivo; en francés, il est probable qu'il pleuvra. Possible, en cambio, deja sitio a la duda: subjuntivo, como en español.
• En una pregunta con inversión, los hablantes cuidadosos usan a menudo el subjuntivo: Crois-tu que ce soit vrai ? En un Tu crois que c'est vrai ? cotidiano, lo normal es el indicativo.
• Como respuesta corta: Je ne pense pas. / Je ne crois pas. — Creo que no. / No creo.